Nach dem Krieg der Tausend Tage (guerra de mil días), in dem mehr als 100.000 Menschen ihr Leben ließen, war das Land geschwächt, was dazu führte, dass sich in 1903 die Provinz Panamá mit Unterstützung der USA von Kolumbien löste.
Aufgrund einer schweren sozialen und politischen Krise brach 1948 nach der Ermordung des liberalen Präsidentschaftskandidaten Jorge Eliécer Gaitán ein Bürgerkrieg aus, der als „Violencia“ in die Geschichte einging und in den Jahren 1948 bis 1953 mehr als 300.000 Tote forderte.
1953 putschte sich General Rojas Pinilla an die Macht. Die rechte Militärdiktatur unter Rojas Pinilla war jedoch nicht von langer Dauer und wurde 1957 durch ein Bündnis der beiden großen Parteien (Liberale und Konservative) abgelöst. Diese Koalition, die „Frente Nacional“, sollte das Land befrieden, führte aber eher dazu, dass die unterschiedlichen politischen Einstellungen in einem Einheitsbrei verschwanden und der Staat verfilzte.
In dieser Zeit bildeten sich auch die großen Guerillabewegungen, die ihren Ursprung in der ungerechten Verteilung des Grundbesitzes und der Vertreibung der Bauern von ihren Ländereien während der Zeit der Violencia hatten. Die bedrohten Bauern schlossen sich zum Zwecke des Selbstschutzes zusammen. Die größte und mächtigste dieser Guerillaorganisationen, die Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia-Ejército Popular (FARC-EP) wurde 1964 von Manuel Marulanda Vélez alias „Tirofijo“ gegründet. Im Laufe der Jahre wandelte sich die ursprüngliche politische Bewegung in eine kriminelle Organisation, die die eigene Bevölkerung terrorisierte.
In den 1980er Jahren bildeten sich als Gegenpol zu den linken Guerrilla-Gruppen rechtsgerichtete paramilitärische Einheiten. Guerrilla und Paramilitares standen im Konflikt miteinander, wobei beide Seiten auch fürchterlichste Massaker und Anschläge auf die Zivilbevölkerung verübten und sich größtenteils aus Drogengeschäften finanzierten.
Ende der 1970er Jahre begann der aus Rio Negro in Antioquia stammende Kleinkriminelle Pablo Escobar Gaviria das größte Drogenkartell der Welt aufzubauen. Das Medellín-Kartell wurde zum wirtschaftlich stärksten „Unternehmen“ und Kokain zum wichtigsten „Exportprodukt“ Kolumbiens. Der Krieg Escobars gegen die kolumbianische Regierung wurde mit terroristischen Mitteln geführt. So sollte die Regierung zum Einknicken gebracht und die Auslieferung Escobars und anderer Drogenbarone an die USA verhindert werden. In diesen Jahren war das Leben in Kolumbien von Angst und Tod geprägt, und das Land gehörte zu den unsichersten und gefährlichsten Ländern der Welt. Am 2. Dezember 1993 wurde Escobar von einer Spezialeinheit der kolumbianischen Polizei, dem „bloque de busqueda“, in Medellín erschossen. Escobar hatte es geschafft, sich in die Herzen der armen Bevölkerung mit Drogengeldern einzukaufen und sich durch die Finanzierung von sozialen Projekten mit blutigem Geld ein Robin-Hood-Image zuzulegen. So gibt es selbst heute noch verblendete Menschen, die Escobar nach wie vor verehren.
Präsident Andrés Pastrana versuchte Ende der 1990er Jahre, den bewaffneten Konflikt mit der Guerrilla zu beenden, und gestand dieser die Einrichtung einer entmilitarisierten Zone zu, um die Guerrilla ihrerseits zu Zugeständnissen zu bewegen. Dieser Schritt erwies sich als fatal, denn in der von der Guerrilla kontrollierten Zone waltete diese nach Belieben und konnte so erstarken. Die Guerrilla nutzte die entmilitarisierte Zone als Rückzugsgebiet, in dem sie den Drogenanbau forcierte und ihre Geiseln versteckte.
In 2002 wurde der Friedensprozess als gescheitert erklärt, und die kolumbianische Regierung versuchte, die Kontrolle über die entmilitarisierte Zone zurückzugewinnen. Der neugewählte Präsident Álvaro Uribe bekämpfte die FARC rigoros und kooperierte dabei verstärkt mit den USA. Da die Guerrilla-Camps sich nicht nur auf kolumbianischem Gebiet befanden, sondern auch auf dem Terrain der Nachbarländer Venezuela und Ecuador, kam es regelmässig zu Spannungen zwischen Kolumbien und den politischen Führungen in Caracas und Quito. Dem kolumbianischen Militär gelang es, die FARC weitestgehend zurückzudrängen und zahlenmässig erheblich zu reduzieren. Auch bei der Entwaffnung der paramilitärischen Gruppen konnte Uribe Erfolge vorweisen. Nach der Verabschiedung des Gesetzes für Gerechtigkeit und Frieden in 2005, begann in 2006 die Mehrzahl der paramilitärischen Kämpfer, die Waffen niederzulegen. Ein Reintegrationsprogramm sollte die Rückkehr der Paramilitärs ins Zivilleben ermöglichen. Unumstritten war und ist Álvaro Uribe trotz seiner Erfolge im Hinblick auf die Bekämpfung der Guerrilla und der Entwaffnung der Paramilitärs aber nicht. Ganz im Gegenteil. Insbesondere werden ihm Verstrickungen ins paramilitärische Lager und in den Skandal um die „Falsos Positivos“ vorgeworfen.
Der ehemalige Verteidigungsminister unter Uribe, Juan Manuel Santos, wurde 2010 zum Präsidenten gewählt. Entgegen seines Wahlkampfversprechens, den harten Kurs von Uribe gegen die Guerrilla fortzusetzen, nahm dieser Friedensverhandlungen mit den FARC-Rebellen auf. Nach jahrelangem verhandeln wurde im September 2016 ein Friedensabkommen unterzeichnet, welches aber in einem Plebiszit von einer Mehrheit der Kolumbianer abgelehnt wurde. Kurz nach dieser heftigen politischen Niederlage erhielt Juan Manuel Santos Anfang Oktober 2016 den Friedensnobelpreis. Mit seiner Entscheidung wollte das Komitee Santos in dieser schwierigen Situation unterstützen und seinen Einsatz für den Friedensprozess würdigen. Ende November 2016 wurde das modifizierte Abkommen durch den Kongress genehmigt.